赤道儀のコントローラーSTARBOOK TENとN.I.N.A＆PHD2を使用して子午線反転を行いました。結果から言いますとほぼデフォルトの設定で正常に行えました。

今回の確認の経緯として
①鏡筒もガイド鏡も反転するのでアプリ側に子午線反転に関する設定がどこかにあるはず。
②画像処理においてフラット処理が合わないのでは？

という不確定要素があったのでいろいろ調べました。
①についてPHD2の詳細設定に[ガイド]の[共有ガイドパラメータ]で「子午線を超えたら赤緯(Dec)出力を反転する」をチェック
②についてはキャリブレーションしてからインテグレート(コンポジット)する際にプレートソルビングまでやるので写野が回転していても問題ありません。とのことでした。

あとはSTARBOOK TENとN.I.N.A側の子午線反転に関する設定です。

STARBOOK TENの設定内容は
　鏡筒反転メッセージ 　Over 0°Step 2°
　強制追尾停止         Over 3°
　自動導入(東側)       Over 0°
※反転メッセージは超えたところから２°毎(８分毎)に発せられる。また強制追尾停止は１２分後という内容です。

N.I.N.A側は下記の設定となっています。
　子午線通過度の分数 5min
　子午線通過から反転までの最大時間 10min
※子午線通過して5分経過後から10分までの間に露出が完了するとすぐに子午線超えを行う。

特に問題がなさそうなので実際にやってみます。

カメラ、赤道儀、ガイド(PHD2)との接続は事前に実施しています。またカメラの冷却や望遠鏡のピント合わせや極軸合わせも済んでいます。